Il Draft WNBA 1999 fu il terzo draft tenuto dalla WNBA e si svolse in quattro fasi.Nella prima (15 settembre 1998), chiamata Initial expansion player allocation, 2 giocatrici vennero assegnate alle due squadre appena entrate nella lega, senza alcun ordine particolare. Nella seconda (6 aprile 1999), si svolse un Expansion draft, sempre a vantaggio delle due nuove squadre. Nella terza (3 maggio 1999), chiamata Post expansion player allocation, altre 2 giocatrici vennero assegnate alle due nuove squadre. Nella quarta (4 maggio 1999) si tenne il draft vero e proprio.
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