蚓鰻科其下分2個屬，如下：
- 蚓鰻屬(Moringua)
- 線蚓鰻(Moringua abbreviata)
- 葦蚓鰻(Moringua arundinacea)
- 雙色蚓鰻(Moringua bicolor)
- 愛氏蚓鰻(Moringua edwardsi)
- 銹色蚓鰻(Moringua ferruginea)
- 多椎蚓鰻(Moringua javanica)
- 大頭蚓鰻(Moringua macrocephalus)
- 大鰭蚓鰻(Moringua macrochir)
- 小鰭蚓鰻(Moringua microchir)
- (Moringua penni)
- 賴塔蚓鰻(Moringua raitaborua)
- 新康吉鰻屬(Neoconger)
- 新康吉鰻(Neoconger mucronatus)
- 瘤新康吉鰻(Neoconger tuberculatus)
- 蠕新康吉鰻(Neoconger vermiformis)
